Комратский государственный университет является правопреемником Гагаузского национального университета, который был открыт совместным решением Всероссийского Фонда образования и исполнительного комитета Комратского районного Совета Народных депутатов 11 февраля 1991 года и был утвержден Постановлением Правительства Республики Молдова № 408 от 01.08.1991 года. В 2002 году Комратский государственный университет (и 10 специальностей) прошел аккредитацию – Постановление Правительства РМ №1051 от 05 августа 2002г., сертификат № 19 от 15 августа 2002 года; две специальности «Право» и «Бухгалтерский учет» прошли аккредитацию в 2006г. – Постановление Правительства РМ № 4.5.3 от 23 марта 2006г.
Комратский государственный университет - это многопрофильное высшее учебное заведение, которое осуществляет свою работу в соответствии с Законом «Об образовании» Республики Молдова и координирует свою деятельность с Министерством просвещения и молодежи Республики Молдова. Язык обучения в вузе – русский, занятия также проводятся на молдавском, гагаузском, болгарском, английском языках.
Комратский государственный университет, как и многие вузы Республики Молдова, интегрируется в Болонский процесс и выполняет все распоряжения Министерства просвещения и молодежи РМ. Вопросы реформирования и модернизации учебного процесса в Комратском государственном университете обсуждаются на заседаниях Сената, Административного совета, общестуденческих форумах, а также на заседаниях кафедр, советов факультетов, студенческих советах. В процесс реформирования системы высшего образования и управления вузом студенты вовлекаются через представительство: в Сенате – 4 студента; в составе советов факультетов – по 2-3 студента; при принятии решений Сенат и советы факультетов учитывают мнения и предложения представителей студенчества.
Студенты постоянно получают информацию о нормативных актах и критериях об учреждении учебных, именных и социальных стипендий и их категорий. Действует студенческий совет общежития, который участвует в решении вопросов о заселении в общежитие и в процессе управления общежитием. Студенты также имеют возможность внести предложения по улучшению организации учебной и внеучебной деятельности, высказать мнение и замечание через ящик «Замечаний и предложений». В ВУЗе зарегистрирована и действует Общественная организация «Лига студентов и молодёжи», которая также участвует в процессе управления университетом.
