О происхождении гагаузов существует множество различных гипотез:
1. Предками гагаузов были тюркоязычные кочевые народы: огузы, печенеги, половцы.
2. Гагаузы — потомки болгар, отуреченных во времена владычества Османской империи.
3. Сельджукская теория: гагаузы являются потомками турок, переселившихся в XIII веке в Добруджу и основавших там совместно с половцами Огузскую державу.
3. Гагаузы — потомки тюркоязычных протоболгар, переселившихся в VII веке с берегов Волги на Балканы и принявших в IX веке христианство.

Проведённый в 2008 году генетический анализ показал, что гагаузы являются балканским народом с характерным для этого региона высоким смешением ген. Обосабливающим признаком гагаузов стало не генетическое родство, а тюркский язык.